根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例，居民个人综合所得中的工资、薪金部分，其个人所得税的计算遵循预扣预缴与年度汇算清缴相结合的制度。当每月工资收入超过五千元人民币的免征额时，超出部分将依据超额累进税率计算应纳税款。本文旨在解析此计算过程与相关法律要点。
需明确应纳税所得额的计算基础。根据法律规定，居民个人的工资、薪金所得，以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额。还可依法扣除专项扣除（包括基本养老保险、基本医疗保险、失业保险等社会保险费和住房公积金）、专项附加扣除（包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或住房租金、赡养老人等支出）以及依法确定的其他扣除。“超过5000元”仅指未考虑任何扣除前的收入门槛，实际计税基数可能因扣除项而显著降低。
确定适用的税率与速算扣除数。工资、薪金所得适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率。具体税率表如下：全年应纳税所得额不超过三万六千元的部分，税率为百分之三；超过三万六千元至十四万四千元的部分，税率为百分之十；超过十四万四千元至三十万元的部分，税率为百分之二十；超过三十万元至四十二万元的部分，税率为百分之二十五；超过四十二万元至六十六万元的部分，税率为百分之三十；超过六十六万元至九十六万元的部分，税率为百分之三十五；超过九十六万元的部分，税率为百分之四十五。月度预扣税款时，需将当月应纳税所得额对照按年换算后的月度税率表计算。
具体计算可采用速算公式：应纳税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数。例如，假设某月扣除各项法定扣除后的应纳税所得额为八千元，对应全年税率表的月度计算，其属于不超过三千元（即全年三万六千元）的税率档，税率为百分之三，速算扣除数为零，则该月应纳税额为八千元乘以百分之三，即二百四十元。
再者，法律规定了预扣预缴的具体操作。扣缴义务人（通常为用人单位）在支付工资时，需按照上述方法计算并代扣代缴税款。纳税人应确保向扣缴义务人准确提供专项附加扣除等信息，以便正确扣除。若纳税人从多处取得工资薪金，或年度中间就业退职，则预扣预缴方式另有具体规则。
年度终了后需进行汇算清缴。纳税人需将全年取得的工资薪金等综合所得合并，重新计算全年应纳税额，并与年度内已预缴税款进行比较，办理退税或补税。此举旨在保障税负公平，使全年收入与扣除情况得到全面准确核算。
工资超过五千元后的扣税是一个系统性的计算过程，核心在于准确核定应纳税所得额并正确适用累进税率。纳税人应充分了解自身可享受的扣除项目，依法履行纳税义务并维护自身合法权益。税务征管部门亦持续优化服务，确保税法有效实施。