在我国社会主义市场经济体制下，全民所有制企业与国有独资企业是两种重要的国有企业形态。尽管二者在所有权归属上均体现国家属性，但在法律内涵、产权结构、治理模式及适用法律等方面存在显著区别，明晰其差异对深化国资国企改革具有重要现实意义。
从法律定义与所有权结构层面剖析，全民所有制企业是依据《中华人民共和国全民所有制工业企业法》设立，其财产属于全民所有，由国家代表全民行使所有权。这是一种较为传统的国有企业形式，其所有权与经营权的分离在历史上曾不够清晰。国有独资企业则特指依照《中华人民共和国公司法》设立，由国家作为唯一出资人的有限责任公司。其核心特征是国家作为唯一的股东，享有公司法所规定的全部股东权利，企业则拥有法人财产权，实行所有权与经营权更为彻底的分离。全民所有制企业的产权关系更侧重于抽象意义上的“全民所有”，而国有独资企业的产权关系则具体化为国家作为唯一股东的股权关系。
在内部治理与法律适用方面，两者的区别更为具体。全民所有制企业实行厂长（经理）负责制，厂长（经理）是企业的法定代表人，在企业生产经营中处于中心地位，职工代表大会则行使民主管理权力。其治理结构相对单一，主要受《全民所有制工业企业法》调整。反观国有独资企业，其治理结构严格遵循《公司法》框架，必须设立董事会、监事会（或监事），并可能设置经理层。董事会是决策机构，成员部分可由国有资产监督管理机构委派，部分可为职工代表。监事会依法履行监督职责。这种治理模式更加强调决策、执行与监督的相互制衡，体现了现代企业制度的要求。
在设立依据与制度弹性上亦存在分野。全民所有制企业基于特定的企业法设立，其制度设计带有鲜明的时代特征，在市场化运营与资本运作方面灵活性相对不足。国有独资公司作为公司制企业，其设立、运营、合并、分立、解散以及破产等程序均严格遵循《公司法》的一般规定，同时辅以《企业国有资产法》等特别规定。这种制度设计使其更能适应市场经济的要求，便于进行股权多元化改造、资产重组和资本运作，是国有企业进行公司制改制的主要目标形式之一。
全民所有制企业与国有独资企业的区别，本质上是传统国有企业制度与现代公司制度之间的差异。前者是计划经济体制下企业形态的延续，后者则是市场经济条件下建立现代企业制度的产物。随着国企改革的持续深化，大批全民所有制企业正通过公司制改制转变为国有独资公司或股权多元化的公司制企业，这不仅是法律形式的变更，更是治理机制和经营理念的深刻变革，旨在进一步增强国有经济的活力、控制力和影响力。清晰认识二者的法律界分，有助于在实践中规范企业行为，完善国有资产监管，推动国有企业高质量发展。